Comment téléverser ses données de biodiversité

Une méthode simple pour  effectuer votre dépôt légal de données brutes de biodiversité

Téléverser vos données brutes de biodiversité sur le SINP pour l’ensemble des structures commandant une étude d’impact est obligatoire depuis la lois biodiversité de 2016. Rien de plus simple ou rien de plus compliqué, ça dépend. Soit vous effectuez ce travail de transmission d’informations et de données sur les 4 plateformes du SINP, via demarches-simplifiees.fr, l’application Métadonnées de l’INPN, l’outil de gestion de données Géonature et la plateforme GINCO.

Ou bien tout simplement vous nous donnez toutes les informations concernant votre étude d’impacts et les données brutes. Nous nous chargerons ensuite de vous inscrire sur les différentes plateformes, de créer le fichier de données .CSV au standard SINP avec notre logiciel EcoRelevé, de téléverser vos données sur GINCO pour les mettre à disposition du grand public via l’INPN ! Alors oui, ce n'est pas gratuit, mais vous gagnerez du temps, de l’argent et surtout vous garderez votre CALme !

 comment verser ses données brutes de biodiversité

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Le téléversement des données de biodiversité : c’est quoi ?

Prenons l’exemple de maîtres d’ouvrages ou bureaux d’études qui doivent réaliser une étude d’impact dans le cadre d’un projet de construction sur un espace naturel. Cette étude demande de réaliser des observations (généralement de terrain) sur la biodiversité, c’est à dire de lister la présence (ou absence!) de l’ensemble des espèces de l’espace étudié, à une date précise.

Ce qu’on appelle téléversement, c’est tout simplement la transmission de ces données sur un site web du SINP (=Système d’Information sur la Nature et les Paysages ; structure nationale développée sous l’égide du Ministère de la Transition Ecologique et Solidaire dont l’objectif principal est de recenser et rassembler les données de biodiversité nationale).

Cette transmission est désormais une obligation légale pour tous les acteurs agissant sur la biodiversité.

Et concrètement ?

Si le principe est simple, concrètement c’est un peu plus compliqué ! En effet, la plate-forme SINP n’accepte pas le versement de données brutes de terrain telles quelles ! Il faut que les données brutes soient transformées en un format précis et rigide pour que la plate-forme SINP les accepte. C’est ce qu’on appelle le « standard occurrences des taxons » du SINP.

Sans entrer dans les détails, un fichier respectant le standard SINP contiendra une vingtaine de colonnes obligatoires (et beaucoup d’autres optionnelles) pour chaque observation. Ces informations obligatoires portent principalement sur l’observation elle-même (identifiant, dates, …), l’identification du spécimen (quelle espèce?) et sa localisation géographique.

Et en plus de ce fichier respectant le standard SINP, il faudra fournir d’autres informations sur le projet et le jeu de données en se connectant à d’autres plate-formes web (on en parle juste après).

Voilà, finalement le téléversement c’est tout ça !

 

Mais comment s’y prendre ?!

Un standard à respecter, des plates-formes web, des informations à fournir dans tous les sens… Par quel bout commencer ?

Tout est disponible sur ce site web : https://depot-legal-biodiversite.naturefrance.fr/

 comment verser ses données brutes de biodiversité

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Pour résumer, il y a 5 étapes à suivre obligatoirement :

Etape 1 - Déclarer le dossier sur demarches-simplifiees.fr : le site demande de créer un login et de remplir une dizaine de champs (coordonnées, objet du dossier, …). Normalement c’est l’étape la plus simple !

Etape 2 - Se connecter à l’application Métadonnées de l’INPN (en créant  un autre identifiant) et fournir des informations sur chaque jeu de données (cadre d’acquisition et jeu de données lui-même). Avec le remplissage de ces informations, le maître d’œuvre obtient l’identifiant du cadre d’acquisition, l’identifiant SINP et l’identifiant du jeu de données. Ces informations seront indispensables car elles vont être demandées lors de l’étape suivante.

Etape 3 – Vous allez devoir organiser vos données au standard SINPN en les mettant dans un fichier .CSV (voir paragraphe suivant pour les explications)

Etape 4 – C’est l’étape du téléversement en lui-même, c’est donc là que vous allez fournir vos données formatées magnifiquement au standard SINP! Pour cela, il faut se rendre sur la plate-forme web GINCO (Gestion d’Information Naturaliste Collaborative et Ouverte), utiliser les identifiants obtenus jusque maintenant et sélectionner le jeu de données renseigné à l’étape 2. Vous pourrez ensuite fournir votre fichier de données. Si aucune erreur n’est détectée (= fichier standard SINP parfait !), un certificat de conformité est délivré et un lien URL (vers vos données) est fourni.

Etape 5 – Se reconnecter à demarche.simplifiée.fr et fournir le lien URL obtenu.

Ouf, terminé !

 comment verser ses données brutes de biodiversité

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Bon, il ne vous aura pas échappé que dans notre résumé le formatage des données au standard SINP s’est un peu réalisé par magie entre l’étape 2 et l’étape 4. Malheureusement, c’est LA difficulté technique de ce fameux processus de téléversement… Mais pas de panique, nous sommes là !

 

Formater vos données au standard SINP (aïe ça pique…)

En langage SINP, les données brutes de terrain s’appellent des données sources (DS). Les données au format SINP sont des données élémentaires d’échange (DEE). Tout le jeu consiste donc à transformer vos DS en DEE.

Ces DEE sont contenues dans un fichier au format .csv. Ce document est constitué des observations (taxons) en lignes et des éléments requis par le SINP en colonnes au format .csv. Les attributs (colonnes) à renseigner peuvent être classés en 2 grandes catégories : ceux liés à l’observation en elle-même et ceux liés au jeu de données en général.

Chaque observation comporte une vingtaine de champs obligatoires, probablement un peu plus en fonction des attributs obligatoires conditionnels qui dépendent de la nature des données brutes. Ces attributs conditionnels sont des champs à renseigner pour une observation si un autre champ est présent. De plus certains champs sont en fait un assemblage de plusieurs informations. Vous suivez ? facile n’est-ce pas ?

Par ailleurs, pour le remplissage de certains champs, l’utilisation de référentiels sera nécessaire. Ceci pour contrôler l’homogénéité et la qualité de l’information livrée. Ainsi, le nom des espèces mentionnées dans le fichier devra faire référence a minima au « CD_NOM » du référentiel taxonomique TAXREF. Autre exemple, en l’absence de localisation géographique précise (latitude/longitude), le lieu de l’observation devra faire référence à une maille de 10x10km répertoriée dans le référentiel « L93_10X10 2011 Lambert 93 ».

Pour réaliser ce fichier de DEE .CSV, vous pouvez utiliser l’outil Géonature ou nous confier vos données, nous les organiserons avec notre outil de gestion de données EcoRelevé (plus simple plus rapide, plus sur).

Le but de cet article n’étant pas d’expliquer en détail le standard SINP, voici la page contenant la documentation officielle : http://standards-sinp.mnhn.fr/

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Petite question subsidiaire… : mais pourquoi s’infliger ça ??!

Pour homogénéiser la qualité des données de biodiversité ! La tâche est gigantesque et ambitieuse, essayez d’imaginer la disparité et quantité astronomique d’observations passées et à venir, réalisées partout dans le monde ! Et tout cela dans le cadre d’une connaissance scientifique toujours en mouvement, en particulier concernant la classification du vivant (nomenclature et taxonomie). 


Au niveau national, la procédure de téléversement va maintenant permettre d’avoir un point d’entrée unique des données brutes de biodiversité : le SINP reçoit les données brutes et les filtre sur la base de leur qualité (vérification de la conformité, cohérence et validité scientifique des observations). Le téléversement intervient sur les étapes de conformité et de cohérence. Si la qualité des données brutes est validée par le SINP, celles-ci sont transmises à l’INPN pour diffusion au grand public (Inventaire National du Patrimoine Naturel).

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Natural Solutions peut vous aider, Aaaahhhh !!

Le processus de téléversement et le formatage des données brutes au standard SINP nécessitent un savoir-faire et une expertise difficile à mettre en œuvre pour les maîtres d’ouvrages et bureaux d’études. Nous avons développés deux solutions au sein de notre outil ecoRelevé pour vous permettre de passer outre cette difficulté :

- la première solution : utilisez ecoRelevé directement sur le terrain pendant vos campagnes de collecte de données ! C’est un logiciel web et mobile qui vous permet de saisir, localiser, gérer et partager vos données de terrain en flux tendu, même en mode déconnecté. Vous pouvez donc créer vos propres formulaires, saisir vos observations géolocalisées sur le terrain et gérer ces données, directement via ecoRelevé ou par transfert sur votre SIG, de manière facile et rapide, vous évitant donc les pertes de données ou les doubles saisies. Les champs obligatoires exigés par le standard SINP sont faciles et rapides à remplir et l’export au format standard SINP se fait en un seul clic à la fin de votre campagne de collecte.

- la deuxième solution : si vous n’avez pas utilisé ecoRelevé pour saisir vos données directement sur le terrain, vous pouvez utiliser notre module ecoRelevé de formatage de données SINP. Vous importez vos données brutes (fichier .xls, .xlsx, .csv ou .txt) dans ecoRelevé et en quelques clics vous obtenez un fichier au format SINP. Cette solution peut potentiellement se révéler un peu plus longue que la solution 1 si le jeu de données importé ne contient pas toutes les données nécessaires (le maître d’ouvrage devra corriger les erreurs en étant guidé par notre application).

Pour ces deux solutions, une chose à faire nous commander ce logiciel.

- Troisième solution : nous l’avons décrite vous nous fournissez vos données brutes et nous nous chargeons de les mettre au standard SINP en .CSV.

Enfin dernière méthode, vous nous donnez toutes les informations concernant votre étude d’impacts, les données brutes et nous nous chargerons de vous inscrire sur les différentes plateformes, de créer le fichier de données .CSV au standard SINP, de téléverser vos données sur GINCO pour les mettre à disposition du grand public via l’INPN !

Simple rapide, pas cher et vous serez content... de rester ami avec la biodiversité... hein 😉

Pour ça rien de plus simple contactez-nous

Posted on April 19, 2018 and filed under Data, Biodiversité, ecoReleve.