Bio-Logging
Animal Movement Cleaner Application : Un outil de pré-traitement des données de bio-logging
Résumé
Dans la cadre d’un stage de fin d’études, Aurélie Jambon a développé une application web permettant de pré-traiter des données de bio-logging de manière facilitée par la recherche des points géoréférencés aberrants. Cette web application bio-logging, est open source. Elle est vouée à s’équiper d’API supplémentaires pour améliorer les pré-traitements, voire d’IA. Simple d’utilisation (voir la vidéo, ci-dessous), elle est disponible pour tous les acteurs effectuant des suivis d’animaux par le moyen de balises permettant la géolocalisation : écologues, chercheurs, gestionnaires d’espaces naturels.
Qu’est-ce que le bio-logging ?
Ce terme de bio-logging, désigne l’utilisation de balises miniaturisées pour observer les comportements et l’environnement des animaux sauvages. Il permet l’accès à une connaissance jusqu’alors hors de portée.
Bio-logging - Crédit : P. Saulay- Parc National des Ecrins
De nouvelles informations à analyser avec prudence
Bien que les données récoltées de bio-logging soient recueillies avec enthousiasme, elles doivent également être étudiées avec prudence. En effet, les jeux de données brutes peuvent contenir des données aberrantes qui fausseront les résultats si elles sont conservées lors de l’analyse.
Le développement de Animal Movement Cleaner Application
Natural Solutions a donc fait appel à Aurélie Jambon pour son stage de fin d’études du diplôme d’ingénieur agronome. L’objectif était de mettre en place le développement de Animal Movement Cleaner Application. Il s’agit d’une application web permettant de réaliser des pré-traitements sur les données de bio-logging, notamment en recherchant des points géoréférencés aberrants.
Bio-logging
Bio-loging : Animal Movement Cleaner Application – Plateforme de pré-traitement de données de bio-logging
Bio-logging
Bio-logging : l’utilisation de la bibliothèque CesiumJS a permis de mettre en place une visualisation 3D. Cette fonctionnalité entre également en jeu dans la recherche de données aberrantes et dans la correction de l’altitude.
Perspectives : vers de nouvelles API
L'application est fonctionnelle. Plusieurs perspectives peuvent être imaginées, comme d'ajouter une API Movebank pour faire un lien direct avec cette plateforme très utilisée. Movebank est une base de données en ligne gratuite de suivi des animaux, hébergée par le Max Planck Institute of Animal Behavior, en Allemagne.
Il est envisagé aussi d’intégrer de l'intelligence artificielle pour aller plus loin dans les pré-traitements, pour commencer à faire un lien avec les comportements des individus suivis.
Une web app open source
Cette application a vocation à être open source. Le but est de fournir un outil facile d'utilisation pour réaliser les premiers pré-traitements sur des données géolocalisées pour tous les acteurs effectuant des suivis d’animaux par le moyen de balises (GPS, Argos, VHF) permettant la géolocalisation (écologues, chercheurs, gestionnaires d’espaces naturels etc.).
Au sein de Natural Solutions, les algorithmes sont réutilisés au sein de l'application EcoRelevé.
Le code est disponible sur GitHub
Pour exemple, voici une vidéo de démonstration.
Démo, Animal Movement Cleaner Application : Un outil de pré-traitement des données de bio-logging. Données : Parc National de la Vanoise
Vous trouverez une description plus détaillée de son travail dans son mémoire de fin d’études .
Par ailleurs, si vous êtes intéressés par cette technologie, pour la mettre en place dans la cadre de vos pré-traitements de données récoltées par des capteurs, ou pour obtenir un lien de test, nous sommes à votre écoute.
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