L'ADN environnemental

Un nouvel outil pour la biodiversité

Qu’est-ce que l’ADN environnemental ? Quelle est son utilité ? Quelles études ont pu être réalisées grâce à ce nouvel outil ?

ADN environnemental

ADN environnemental

Un nouvel outil pour la biodiversité

L’ADN environnemental est un nouvel outil prometteur pour la biodiversité, il permet de faire l’inventaire des espèces présentes dans un milieu en peu de temps et en seulement quelques relevés. Il paraît d’autant plus important que, comme le souligne la liste rouge de l’Union Internationale pour la Conservation de la Nature, de nombreuses espèces sont en voie d’extinction.

Définition

L’ADN environnemental est un nouvel outil de détection et de suivi des espèces. En effet, les êtres vivants laissent des traces temporaires de leur ADN à travers leurs fèces, poils ou encore bouts de peau. Et cet ADN peut être échantillonné dans différents milieux : aquatique, terrestre, aérien afin de déterminer la présence d’espèces. Il existe deux approches quant à l’usage de l’ADN environnemental : une approche spécifique ciblant une espèce particulière (espèce rare, menacée) et une approche multispécifique destinée à évaluer la biodiversité d’un écosystème.

Quelle est son utilité ?

Grâce à l’ADN environnemental, il est désormais possible de veiller sur différentes espèces et leurs habitats naturels. Il permet de réaliser un inventaire de la faune et la flore d’un cours d’eau ou encore d’un milieu terrestre grâce à seulement un prélèvement et apporte ainsi des données précieuses pour l’évaluation de la biodiversité. Cela est essentiel quand on sait que l’ONU a mis en avant le manque de taxonomistes : le fameux “obstacle taxonomique”, pour identifier et classer les espèces et autres taxons sur la planète. Leurs rôles étant de décrire les organismes vivants et de les regrouper en entités appelées taxons afin de les identifier, les nommer et les classer via des clés de détermination.

Dès lors, l’ADN environnemental est un outil très prometteur : en plus de gagner en temps et en coût, il pourrait pallier ce problème considérable. Cependant, l’analyse des données issues de cet ADN reste encore à consolider, en effet, elle ne permet pas par exemple de quantifier la densité des espèces, ni de mesurer la taille des individus.

Exemple du suivi des espèces de requin grâce une étude d’ADN environnemental

ADN environnemental

Étude de l’océan et de ses requins

Grâce à l’ADN environnemental

Auparavant, c’était des plongeurs équipés de caméra qui relevaient les différentes espèces de requin présentes dans l’océan. Il s’agissait d’un procédé long : des centaines d’heures de plongée et de films vidéo réalisés en 3 ans minimum. Alors que grâce à l’ADN environnemental, il n’a fallu prélever que 22 échantillons d’eau de mer et ça n’a pris que 2 semaines ! De plus, l’ADN environnemental a permis d’identifier 44% de requins en plus qu’avec l’ancienne méthode ainsi que de nouveaux requins : 6 espèces sur 13 ont été détectées que grâce à l’ADN. Or, ce sont justement ces espèces là les plus en danger et qui nécessitent toute notre attention.

Exemple d’un laboratoire : notre partenaire SpyGen

ADN environnemental SpyGen

Nous travaillons avec SpyGen, un laboratoire d’expertise scientifique et de recherche appliquée spécialisé dans l’inventaire de la biodiversité aquatique et terrestre. SpyGen est pionnier dans le domaine des analyses ADN environnemental. Il est à l’origine du développement des expertises VigiDNA, technologies permettant d’améliorer le suivi d’espèces rares et visant à renforcer les opérations de veille environnementale à l’échelle mondiale. SpyGen donne de nombreuses réponses quant à nos questionnements autour de l’ADN environnemental. Comme par exemple :

Comment détecter la présence d’une espèce à partir d’un échantillon environnemental ?

Comment détecter l’ensemble des espèces d’un groupe cible à partir d’un échantillon environnemental ?

Comment effectuer les prélèvements ADN ?

Leur projet ALIVe : observatoire de la biodiversité par l’ADN environnemental

SpyGen a notamment un projet : ALIVe (All Life InVentory using eDNA). Il a pour objectifs de développer et standardiser des méthodes innovantes d’inventaire de la biodiversité globale basées sur l’ADN environnemental et de créer une plateforme web de cartographie pour favoriser le partage et le traitement de ces données génétiques. Ce projet a été sélectionné par l’ADEME dans le cadre du concours d’innovation du programme d’investissements d’avenir et a obtenu une aide pour son financement.

Pour aller plus loin…

UICN : l’Union Internationale pour la Conservation de la Nature

ADN environnemental UICN

La liste rouge

IUCN

L’ADN environnemental permet alors, comme on l’a vu avec ces deux exemples, d’évaluer les espèces et notamment celles qui sont le plus en danger. Ce qui vient bouleverser la liste rouge de l’UICN. Cette liste rouge est l’inventaire mondial le plus complet de l’état de conservation global des espèces végétales et animales. Elle permet, grâce à une série de critères spécifiques, d’évaluer le risque d’extinction de milliers d’espèces et de sous-espèces (uicn.fr). Il s’agit de l’outil le plus fiable pour reconnaître le niveau des menaces pesant sur la diversité biologique spécifique.

Or, saviez-vous que Marseille recevra le Congrès mondial pour la nature du 11 au 19 juin 2020 ? Il s’agira de la plus grande manifestation de la planète en faveur de la biodiversité organisée par l’UICN et le Ministère français de la Transition écologique et solidaire. Ce congrès réunira près de 160 pays, des ONG et des peuples du monde entier. Et chacun pourra prendre part au Congrès en participant au Forum qui sera ouvert du 12 au 15 juin 2020. Plus de 300 sessions sont prévues autour des thèmes : paysages, eau douce, océans, changement climatique, droits et gouvernance, systèmes économiques et financiers, savoir, innovation et technologie.

L’année 2020 s’annonce donc cruciale pour la biodiversité : ce congrès doit contribuer à inscrire la biodiversité dans une stratégie nationale et mondiale au même titre que le climat. Ce sera aussi une étape importante avant la COP15 prévue à Pékin en 2020.